東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータシステム SHIROKANE には INGOR がインストール済みですので、アカウントをお持ちであればすぐにお使いいただけます。バイナリおよび実行スクリプトは SHIROKANE の "~tamada/ingor" においてあります。Arm 版のバイナリも用意してありますので、Arm 計算ノードでもご利用いただけます。

INGOR HC+BS アルゴリズムの実行方法

ジョブスクリプトとして "~tamada/ingor/ingor_bs.sh" をお使いください。このスクリプトでは、バイナリを直接スクリプト中で実行していますので、このジョブスクリプトを投入するだけでネットワーク推定が可能です。ブートストラップを実行するオプションも自動で追加されます。 1000 回のブートストラップを実行するには以下のようにジョブを投入します。

実行例：

qsub -t 1-1000 <GE options> ~tamada/ingor/ingor_bs.sh <options> input_file

"<GE options>" には Grid Engine 用のオプションを指定してください（使用メモリ量などのリソース指定 "-l" や標準出力結果をファイル保存する "-o" など）。

"<options>" には、INGOR 用のオプションを指定してください。("-B" は指定不要です)

INGOR NNSR アルゴリズムの実行方法

ジョブスクリプトとして "~tamada/ingor/ingormpi.sh" をお使いください。このジョブスクリプトでは、実行バイナリをスクリプトの第一引数として渡す必要がありますのでご注意ください。 INGOR へのオプションとして "-a nnsr" を指定してください（NNSR アルゴリズムを実行するオプション指定）。

実行例：

qsub -pe mpi 64 <GE options> ~tamada/ingor/ingormpi.sh ~tamada/ingor/ingor.1.0.0-MPI -a nnsr <options> input_file

"64" と書かれた部分は、並列数（使用スロット数またはコア数）です。任意の値の指定が可能です。最低でも 32 程度にするのがおすすめです。大きくすると実行速度は上がりますが、ジョブは実行されにくくなります。

"ingor.1.0.0-MPI" の部分は実際の実行バイナリです。最新のバージョン番号がついたバイナリに置き換えてください。

"<GE options>" には Grid Engin 用のオプションを指定してください。 "<options>" には INGOR 用オプションを指定してください。NNSR アルゴリズムへのオプションは "-A" で指定します。例えば、サブネットワーク推定の繰り返し数を 100000 回に指定したい場合は "-A T=100000" というオプション指定になります。

Arm 計算ノードでの利用について

Arm 計算ノード用のバイナリ・ジョブスクリプトを用意しています。末尾に "-arm" がついています。このジョブスクリプトを用いると、自動で Arm 計算ノードに限定したジョブが投入されます。ジョブの投入自体は通常の (AMD CPU 搭載の) 計算ノードから行えます。

ECv を用いた解析について

ECv (Edge Contribution value) はサンプルごとにエッジを定量化した値です。サンプル単位でのネットワーク解析が可能になります。京都大学で特許を取得している関係でバイナリは公開されていません。学術利用の場合は無料で ECv 計算プログラムをご利用いただけます。学術機関のメールアドレスから開発者宛にメールをしてください。営利目的の場合、京都大学などから利用許諾を得る必要があります。メールをいただければ担当者にお繋ぎいたします。開発者のメールアドレスはウェブサイト https://ytlab.jp/ja/ をご参照ください。

INGOR 日本語ドキュメント