OVERVIEW

SiGN-BN(サイン-BN) は遺伝子発現データから遺伝子ネットワークを予測・推定するためのソフトウェアです. ノンパラメトリック回帰によるベイジアンネットワークを用いて観測された発現データから遺伝子間の発現の依存関係(=遺伝子ネットワーク)を推定します. 遺伝子発現データは個人の細胞サンプルや遺伝子ノックダウン実験,薬剤投与による時系列データなどを用いることが可能です. 時系列データに対しては動的(ダイナミック)ベイジアンネットワークを,ノックダウン実験などの静的なデータに対しては通常のベイジアンネットワークを用いて遺伝子ネットワークを推定します.

SiGN-BN はヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータのユーザであればどなたでもご利用できます.

詳細は英語ページをご参照ください.

ACKNOWLEDGEMENTS

SiGN-BN は,理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラムで研究・開発している 「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発プロジェクト (ISLiM)」 の元で開発されたものです. SiGN-SSM の開発に必要な計算機資源は,ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータ, 及び理化学研究所のスーパーコンピュータ RICC から提供されました.