OVERVIEW

SiGN-BN(サイン-ビーエヌ) は遺伝子発現データなどの量的なデータから遺伝子ネットワークを予測・推定するためのソフトウェアです。 ノンパラメトリック回帰によるベイジアンネットワークを用いて、計測された発現データから遺伝子間の発現の依存関係(=遺伝子ネットワーク)を推定します。 遺伝子発現データは個人の細胞サンプルや遺伝子ノックダウン実験,薬剤投与による時系列データなどを用いることが可能です。またデータは量的なデータであればよく、タンパクの定量データなども使用可能です。 時系列データに対しては動的(ダイナミック)ベイジアンネットワークを,ノックダウン実験などの静的なデータに対しては通常のベイジアンネットワークを用いて遺伝子ネットワークを推定します。

SiGN-BN はヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータのユーザであればどなたでもご利用できます。また理研 AICS 京コンピュータ及び互換機向けのバイナリも提供しています。

詳細は英語ページをご参照ください.

ACKNOWLEDGEMENTS

SiGN-BN は、東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センターDNA情報解析分野で開発されたアルゴリズム及びソフトウェアを元に、理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 「次世代生命体統合シミュレーションソフトウェアの研究開発プロジェクト (ISLiM)」 で開発されたものです。 SiGN-BN の開発に必要な計算機資源は、ヒトゲノム解析センターのスーパーコンピュータ、 理化学研究所のスーパーコンピュータ RICC、及び「京」、名古屋大学情報基盤センターのスーパーコンピュータ、東京大学情報基盤センターのスーパーコンピュータから提供されました。 現在は京都大学 大学院 医学研究科 人間健康科学系専攻 医療情報 AI システム学講座で維持・管理・開発が行われています。また、ポスト「京」開発事業・重点課題2、及び文部科学省研究費補助金新学術領域研究「がんシステムの新次元俯瞰と攻略」の支援を受けています。 これまで HPCI戦略プログラム分野1、文部科学省研究費補助金新学術領域研究「システム的統合理解に基づくがんの先進的診断、治療、予防法の開発」(平成22〜26年度)、文部科学省科学研究費補助金「大規模ベイジアンネットワーク構造探索並列アルゴリズムの研究」(平成27〜28年度)の支援を受けていました。